В зону затопления БоГЭС попадают уникальные археологические памятники, охватывающие период от 40 тыс. лет до н.э. до XVII века. Только на территории Красноярского края в зоне затопления зафиксировано 82 памятника, из них в Кежемском районе 43 памятника, стоящих на государственной охране. Среди них уникальные писаницы, многослойные стоянки. Некоторые памятники уже дали уникальные материалы.